INDIGO MEMO

生態学に関して覚え書き。または、思いの丈を述べられるように。

ニッキー・ヘイデンを喪ったと聞いて

 1週間ほど離島に滞在し、ネットが全く使えない環境にあった。離島から大陸に戻り、緊急のメールを返信後、MOTOGPSBKの様子を検索し、そこで初めてニッキー・ヘイデンが数日前に亡くなっていたことを知った。

 私がバイクレース界に興味を持ったのは数年前のことで、それほど長くニッキー・ヘイデンのことを見てきたわけではない。しかし、私は彼に対して、MOTOGP選手の中でも特別な思い入れがあった。なぜなら、彼は私の元バイト先であるダイネーゼのイメージキャラクターで、新作が発表される度にそれらを着た彼の姿が写った写真を見ていたためである。2年前にMOTOGPをもてぎで観戦したときには、彼の走りも見ていた。パドックでは姿を見ることができずに残念な思いをしたことを覚えている。そんな彼が亡くなってしまったというのは、さらに数日前の事故があったことも知り得なかった身としては、あまりに唐突で衝撃的である。

  人がいつか死ぬということは重々承知している。それでも、突然いなくなってしまうことは悲しく、涙が止まらない。かつて、加藤大治郎マルコ・シモンチェリが亡くなったとき、私はバイクレース界のことなどほとんど知らなかったが、今なら当時ファンだった人らの悲しみを理解できる。今はただ彼が35年の生涯に悔いがなかったこと、彼のご冥福、ご遺族が気を落とされ過ぎないことをお祈りするばかりである。

phytools : plotTree.wBars

 RのパッケージphytoolsのコマンドplotTree.wBarsでは、系統樹の隣に各種の形質値を表す棒グラフを並列できる。

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library(phytools)

Tree<-pbtree(n=15)

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

contTree<-contMap(Tree, x, res=100)

###サンプル系統樹に形質値をのせる

 

plotTree.wBars(contTree$tree, x, method="plotTree", tip.labels=TRUE, fsize=0.7, colors=contTree$cols, type="phylogram")

###系統樹と棒グラフを並列する

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 f:id:Pertin:20161210125945p:plain

 

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plotTree.wBars(contTree$tree, x, method="plotSimmap", tip.labels=FALSE, fsize=0.7, colors=contTree$cols, type="fan")

###methodで系統樹の枝の色付けが可能

###tip.labelで種名の有無を設定可能

###typeで系統樹の形が変更可能

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f:id:Pertin:20161210130026p:plain

 

参考 : Plotting methods for comparative data and phylogenies

 

 

 

 

 

 

phytools : setMap

 RのパッケージphytoolsのコマンドsetMapでは、contMapで描いた系統樹の枝の色を変えられる。

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library(phytools)

Tree<-pbtree(n=15)

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

contTree<-contMap(Tree, x, res=100)

###色付けされた系統樹のオブジェクトを設定

 

setTree<-setMap(contTree,colors=c("blue","purple","red"))

###青→紫→赤の順になるよう設定

 

plot(setTree)

###図示

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f:id:Pertin:20161209213621p:plain

 

 参考:Phylogenetic Tools for Comparative Biology

phytools : contMap

 Rのパッケージphytoolsのコマンドcontmapでは、系統樹の枝に各種の形質値に合わせた色付けができる。

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library(phytools)

###パッケージの設定

 

Tree<-pbtree(n=15)

###サンプル系統樹の読み込み

 

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

###サンプル系統樹の形質値、および、そのラベル付け

 

contMap(Tree, x, res=100)

###形質値の色付けされた系統樹が表示される(resは解像度)

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f:id:Pertin:20161209205527p:plain

 

枝の色を変えたいときはsetMapを使う。