INDIGO MEMO

生態学に関して覚え書き。または、思いの丈を述べられるように。

phytools : contMap

 Rのパッケージphytoolsのコマンドcontmapでは、系統樹の枝に各種の形質値に合わせた色付けができる。

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library(phytools)

###パッケージの設定

 

Tree<-pbtree(n=15)

###サンプル系統樹の読み込み

 

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

###サンプル系統樹の形質値、および、そのラベル付け

 

contMap(Tree, x, res=100)

###形質値の色付けされた系統樹が表示される(resは解像度)

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f:id:Pertin:20161209205527p:plain

 

枝の色を変えたいときはsetMapを使う。