INDIGO MEMO

生態学に関して覚え書き。または、思いの丈を述べられるように。

phytools : setMap

 RのパッケージphytoolsのコマンドsetMapでは、contMapで描いた系統樹の枝の色を変えられる。

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library(phytools)

Tree<-pbtree(n=15)

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

contTree<-contMap(Tree, x, res=100)

###色付けされた系統樹のオブジェクトを設定

 

setTree<-setMap(contTree,colors=c("blue","purple","red"))

###青→紫→赤の順になるよう設定

 

plot(setTree)

###図示

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f:id:Pertin:20161209213621p:plain

 

 参考:Phylogenetic Tools for Comparative Biology