INDIGO MEMO

生態学に関して覚え書き。または、思いの丈を述べられるように。

phytools : plotTree.wBars

 RのパッケージphytoolsのコマンドplotTree.wBarsでは、系統樹の隣に各種の形質値を表す棒グラフを並列できる。

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library(phytools)

Tree<-pbtree(n=15)

x<-c(runif(15))

labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12", "t13", "t14", "t15")

names(x)<-labels

contTree<-contMap(Tree, x, res=100)

###サンプル系統樹に形質値をのせる

 

plotTree.wBars(contTree$tree, x, method="plotTree", tip.labels=TRUE, fsize=0.7, colors=contTree$cols, type="phylogram")

###系統樹と棒グラフを並列する

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 f:id:Pertin:20161210125945p:plain

 

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plotTree.wBars(contTree$tree, x, method="plotSimmap", tip.labels=FALSE, fsize=0.7, colors=contTree$cols, type="fan")

###methodで系統樹の枝の色付けが可能

###tip.labelで種名の有無を設定可能

###typeで系統樹の形が変更可能

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f:id:Pertin:20161210130026p:plain

 

参考 : Plotting methods for comparative data and phylogenies