INDIGO MEMO

生態学に関して覚え書き。または、思いの丈を述べられるように。

phytools

phytools : plotTree.wBars

RのパッケージphytoolsのコマンドplotTree.wBarsでは、系統樹の隣に各種の形質値を表す棒グラフを並列できる。 --------------------------------------- library(phytools) Tree<-pbtree(n=15) x<-c(runif(15)) labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t…

phytools : setMap

RのパッケージphytoolsのコマンドsetMapでは、contMapで描いた系統樹の枝の色を変えられる。 ----------------------------------------------- library(phytools) Tree<-pbtree(n=15) x<-c(runif(15)) labels<-c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6", "t7",…

phytools : contMap

Rのパッケージphytoolsのコマンドcontmapでは、系統樹の枝に各種の形質値に合わせた色付けができる。 ----------------------------------------- library(phytools) ###パッケージの設定 Tree<-pbtree(n=15) ###サンプル系統樹の読み込み x<-c(runif(15)) l…